Tổng Công ty Lương thực Miền Nam được thành lập tháng 5/1995 theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ trên cơ sở tổ chức lại Tổng Công ty Lương thực Trung ương II, Công ty Lương thực Trung ương III và các đơn vị kinh doanh lương thực từ Quảng Nam-Đà Nẵng trở vào (Quyết định số 311/QĐ-TTg ngày 24/5/1995 của Thủ tướng Chính phủ). Tổng Công ty còn được gọi là Tổng Công ty 91 (hạng đặc biệt) vì được thành lập theo mô hình thí điểm thành lập tập đoàn kinh doanh tại Quyết định số 91/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.

Tháng 7/2003, Tổng Công ty bắt đầu thực hiện lộ trình sắp xếp, chuyển đổi Doanh nghiệp Nhà nước và thí điểm chuyển sang tổ chức hoạt động theo mô hình Công ty mẹ-Công ty con theo Quyết định số 136/2003/QĐ-TTg ngày 10/7/2003 của Thủ tướng Chính phủ.

Đến tháng 12/2005, Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 333/2005/QĐ-TTg ngày 14/12/2005 về việc thành lập Công ty mẹ-Tổng Công ty Lương thực Miền Nam; Quyết định số 125/2006/QĐ-TTg ngày 30/5/2006 ban hành Điều lệ tổ chức và hoạt động của Tổng Công ty Lương thực Miền Nam theo mô hình công ty mẹ-công ty con.

Ngày 1/3/2007, sau khi thực hiện xong các trình tự thủ tục pháp lý cần thiết, Tổng Công ty Lương thực Miền Nam đã chính thức chuyển sang hoạt động theo mô hình công ty mẹ-công ty con.

Ngày 25/6/2010, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 979/QĐ-TTg về việc chuyển Công ty mẹ- Tổng Công ty Lương thực miền Nam thành công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước làm chủ sở hữu.

Ngày 07/3/2011, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 339/QĐ-TTg phê duyệt Điều lệ tổ chức và hoạt động của Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên - Tổng Công ty Lương thực miền Nam.

Các ngành nghề kinh doanh của Vinafood2:

- Mua bán, xay xát, chế biến, bảo quản lương thực, thực phẩm, lúa mì, bột mì, nông sản. Mua bán thủy sản, phân bón, máy móc phục vụ ngành nông nghiệp, gỗ và các sản phẩm từ gỗ, vật tư, thiết bị máy móc ngành công-nông nghiệp, rượu, bia, thuốc lá điếu (sản xuất trong nước).

- Kinh doanh bất động sản. Quản lý khai thác cảng biển, bến thủy nội bộ. Dịch vụ hỗ trợ vận chuyển đường thủy. Sửa chữa phương tiện vận tải thủy bộ.

- Dịch vụ cho thuê kho bãi (chỉ thực hiện đối với những dự án được cấp có thẩm quyền phê duyệt). San lấp mặt bằng. Dịch vụ tư vấn kỹ thuật điện, cơ khí, xây dựng. Sản xuất, đóng mới các phương tiện vận tải thủy.

- Sản xuất, mua bán thức ăn chăn nuôi. Nuôi, chế biến thủy hải sản. Đại lý kinh doanh xăng dầu. Khai thác, mua bán nước uống tinh khiết, nước khoáng. Dịch vụ hỗ trợ trồng trọt, cung cấp giống cây trồng, thu hoạch cây trồng.

- Quảng cáo thương mại, tiếp thị. Kinh doanh lữ hành nội địa và quốc tế. Kinh doanh khách sạn, nhà hàng ăn uống (hoặc quán ăn uống bình dân). (Không sản xuất, khai thác, chế biến, sửa chữa tại trụ sở công ty).

Ban lãnh đạo: